La FSSE se finance en grande partie par ses revenus des différentes prestations offertes. Une partie des recettes provient des moyens mis à disposition par l’Office Fédéral du sport (OFSPO) et Swiss Olympic pour la promotion du sport.
La FSSE répartit les fonds dans ses différentes activités et soutient également les Associations régionales et membres à part entière qui sont actifs dans les programmes de promotion de la relève et dans le sport. Chacune des 9 disciplines a son propre budget, qui est géré par les directoires respectifs.